１万円以上で送料無料にしてますがクーポンで割引され１万円以下になった場合、送料は有料になるのでしょうか？

クーポンでの割引は別計算で最後に入りますので、 クーポン値引きにより送料無料条件の購入金額を下回った場合でも、「送料無料のまま」になります。

「送料無料条件」は「基本設定＞ショップ情報」より設定可能です。

送料無料条件：ショップ全体で送料無料条件を設定する場合に記載します。
ここで設定した金額は承継（商品代金のみの税込価格）で判断されます。
送料無料条件を設定しない場合は「空」もしくは「0」に設定してください。
本設定は購入にかかわるすべての注文に適用されますのでご注意ください。