定期購入の自動受注生成がされないのは設定が間違っているのでしょうか？

「基本設定＞ショップ情報＞状態」が「クローズ」に設定されていないかを確認してください。

「基本設定＞ショップ情報＞状態」で「クローズ」に設定すると、ショップはメンテナンスモードで動作します。
メンテナンスモードでは、定期購入の自動受注生成など、自動的に処理するプログラムも止まるようになっています。
「クローズ」 から「オープン」に設定を変更することで、定期購入の自動受注作成が行われるようになります。

ショップがクローズ状態になっていると管理画面の上部にクローズであることが表示されます。