受注一覧の「入金日」とは、どこに入金された日になりますでしょうか？

受注一覧の「入金日」は、対応状況を「入金処理済み」に変更したタイミングで「入金日」に日付が記録されるようになっています。

実際に代金の入金をシステムが感知する事は出来ませんので、「入金処理済み」に変更するタイミングは各ショップの運用に則って決定してください。
一般的に商品発送が完了していれば、「入金処理済み」まで対応状況を変更する事例が多いです。