会員のポイントが減っているのですが設定を誤ってますか?

「基本設定>ポイント」の状態を確認してください。
受注が最終的に移動される対応状況(「受注>受注対応状況設定」で「処理済」に設定)に対して、「剥奪」にチェックが入っていると付与されたポイントが剥奪され減少してしまいます。

下記設定が推奨になりますので、ご参考ください。

■新規受付時にポイントを付与したい場合
「キャンセル」以外、全て「付与」に設定する

■入金処理済みでポイントを付与したい場合(推奨)
「入金処理済み」以外、全て「剥奪」に設定する。

参考

■【ポイント】の設定方法