商品カテゴリー毎にデザイン等を編集することはできますか？

「商品＞カテゴリー管理」より個別にカテゴリーを編集することができます。
個別に編集したいカテゴリーの編集（鉛筆マーク）をクリックします。

「PC：上部HTML」より、自由にHTMLを入力することができます。

※PCテンプレート一つでレスポンシブ対応してる場合は、「スマホ」の項目は機能しておりません。
※「モバイル」は旧仕様互換である為、機能しておりません。

「デザイン＞ページ設定＞商品一覧」のテンプレートでHTMLの出力先を確認することできます。

「デザイン＞ページ設定＞商品一覧」テンプレートの<!--{preContents}--><!--{postContents}-->は上部HTML、下部HTMLが出力されるようになっています。